新建商丘至合肥至杭州铁路工程自河南省商丘站（含）经安徽省合肥站至浙江省杭州东站（不含），线路全长794.548km，包括商丘地区，阜阳、合肥、芜湖等枢纽引入配套工程。其中，合肥北城站至肥东站段利用既有合蚌、合宁客专，芜湖站至宣城站段利用皖赣扩能改造新双线，湖州站至杭州东站段利用既有宁杭客专。本项目新线建筑长度为618.02km，包括商丘至合肥北城段378.765km（其中河南省47.994km，安徽省330.771km）、肥东至芜湖段110.396km、宣城至湖州段128.859km（其中安徽段77.866km，浙江段50.993km），其中安徽、浙江段合计570.026km。

安徽、浙江段共设28个站，其中新建芦庙、亳州南、古城东、太和东、阜阳西、颍上北、凤台南、寿县、淮南南、巢湖北、含山西、芜湖北、郎溪、广德南和安吉等15个站；改扩建既有合蚌客专的水家湖、合宁铁路的肥东、合福高铁的巢湖东、宁杭客专的湖州4个站，利用既有合蚌客专的合肥北城、合宁铁路的合肥、三十里铺和宁杭铁路的德清、杭州东等5个车站，利用在建宁安铁路、皖赣铁路扩能改造工程芜湖至宣城段新双线的芜湖、弋江、湾沚南、宣城等4个站。既有三十里铺站不办理客运。

全线正线路基长91.953km，占16.3%；桥梁122座468.864km，占82.1% ；隧道6座9.38km，占1.6%。